故事發(fā)生在21世紀(jì)初葉的日本，此時(shí)的年號(hào)是“平誠(chéng)”。雖然鎖國(guó)政策已經(jīng)完結(jié)，但德川幕府的統(tǒng)治還在繼續(xù)。在富士山的山腳有一間巨大教育機(jī)構(gòu)·武應(yīng)學(xué)園塾。這里的部分學(xué)生對(duì)德川家進(jìn)行反抗，學(xué)生會(huì)執(zhí)行部稱(chēng)其為“豐臣狩獵”，并對(duì)其進(jìn)行鎮(zhèn)壓。本作的主人公、柳生道場(chǎng)的代理師傅·柳生宗朗雖世代為德川效力，但他卻對(duì)執(zhí)行部的鎮(zhèn)壓行動(dòng)抱有疑問(wèn)，為此卻被學(xué)生會(huì)命令撤走道場(chǎng)。撤走期限即將來(lái)臨之際的一天晚上，宗朗與真田幸村后藤又兵衛(wèi)被學(xué)生會(huì)直轄部隊(duì)追殺逃進(jìn)柳生道場(chǎng)秘密房間后，突然從天花板墮下一名手持雙刀的全裸美少女。自稱(chēng)柳生十兵衛(wèi)三嚴(yán)的少女擊退了強(qiáng)襲道場(chǎng)的服部忍者..