一場突如其來的神秘爆炸摧毀了X學院，X教授與Jean Gray失蹤。鐳射眼因此而意志消沉，領隊的責任落在了野性的金剛狼的肩上。除了萬磁王等一干強大敵人，金剛狼的過去也如幽魂般困擾著他。20年后，X教授從昏迷中醒來，看到的是一幅末日景象：巨大的機器人統治了世界，人類與變種人都瀕臨滅絕。X教授借助腦波機向現代的X戰警傳達指示：改變未來，拯救世界！事件的背后隱藏著怎樣的真相？不請自來的白皇后又有何目的？金剛狼能否率領X戰警力挽狂瀾？